このウェビナーでは、ディープラーニングとハイコンテントスクリーニング分野の当社専門家であるManoelと尚平が、scanRシステムのアッセイビルダーを紹介します。 scanRシステムは、独自のサンプルナビゲーション方法と、フローサイトメトリーから発想を得た解析を特長とする、オリンパスのハイコンテントスクリーニング専用プラットフォームです。
よくある質問ウェビナーFAQ | ハイコンテントスクリーニング：カスタム解析を簡単に一部の細胞が2色で表されていて（緑色と青色など）、2つの異なる細胞周期段階を示唆しています。 これはシステムが正しく機能していないことを示していますか？顕微鏡システムでは複数の色/チャンネルを区別できるので、2つの異なる色が表示される場合、背景と前景が識別されています（前景は細胞層）。 ただし、場合によっては細胞周期段階が形態的特徴から識別されることがあるため、細胞段階タグを使用して異なる細胞段階をマーキングすることを強くお勧めします。 区別したいすべての細胞周期段階についてトレーニング（ディープラーニング）が行われるようにするには、この作業が欠かせません。 とはいえ、細胞は「細胞単位」ではなくピクセル単位で評価されているため、細胞段階を個々にトレーニングしない場合でも、細胞周期段階を自動的に識別できます。 スフェロイド培養やその他の培養の解析で、このシステムはどのような働きをしますか？scanRシステムは、スフェロイド培養やその他の培養に対して効率的に機能するように設計されています。 このアプリケーションについてうまく機能することを確認した詳細なワークフローがあります。 まず、収集した画像に3Dデコンボリューションを適用してから、手動アノテーションを実行することをお勧めします。 ワークフロー例では10～20画像を使用し、手動のセグメンテーションは10細胞となります。 384ウェルプレートでウェルの境界を撮像できますか？はい、ただし制約事項があります。 ウェルの境界を撮像できるかどうかは、使用するウェルプレートと対物レンズの種類によって決まります。 ウェルプレートは、スカート付き、セミスカート付き、スカートなしなど、さまざまな形式があります。 そのため、ウェルの境界の撮像にとって重要な情報は、プレートの底部とスカートの底部の高さの差になります。 プレートの底部からスカートの底部までの垂直距離によっては、高倍率の対物レンズで撮像できない場合があります。対物レンズがプレートにぶつかる恐れがあるからです。 この場合は、ぜひ長作動距離対物レンズをご使用ください。 とりわけ、オリンパスでは豊富な種類の長作動距離対物レンズをご用意しています。 scanRシステムのフォーカス動作の仕組みはどのようなものですか？scanRシステムでは、ハードウェアとソフトウェアのオートフォーカスを組み合わせています。 ハードウェアオートフォーカスでは細胞の底面を検出し、ソフトウェアオートフォーカスではサンプル部分を検出します。 このプロセスは非常に安定したもので、実験を開始したら基本的にシステムから離れることができます。 ハイコンテントスクリーニングに超解像スピニングディスクシステムを使用できますか？はい、scanRソフトウェアでオリンパスのIXplore SpinSR顕微鏡システムを制御できます。 システムでは120 nmの分解能を実現可能で、取得した画像をcellSensソフトウェアにインポートして処理することにより、さらに詳細な結果が得られます。 セグメンテーションとディープラーニングは組織片に対してどのようなよい作用がありますか？当社の実験によると、セグメンテーションが組織片に対して特によい作用を生むのは、スピニングディスクシステムを使用する場合です。 ただし、スピニングディスクシステムを使用しない場合でも、3Dデコンボリューションを適用するだけで優れた画像を得られます。 特に処理の困難な組織の場合は、手動アノテーションとともにディープラーニングを行えば、よい結果が得られることがわかっています。 手動アノテーションによって、ディープラーニングアルゴリズムに頑強なトレーニングデータセットが取り込まれ、ユーザー識別に基づいた学習とよりよいセグメント予測が可能になります。 |
