La solution de numération et de mesure en option du logiciel cellSens  Dimension simplifie le décompte des objets de l’ensemble d’une image. Mais qu’en est-il du décompte d’objets situés dans différentes régions ? Là aussi, nous avons la solution.

L’exemple d’image que nous utilisons ici comporte trois canaux : bleu, vert et rouge. Notre objectif consiste à compter le nombre de foyers verts et rouges dans chaque région de noyau bleu.

Conseil : avant de commencer à compter les objets situés dans des régions à l’aide du logiciel cellSens Dimension, vous devez d’abord définir les mesures que vous souhaitez effectuer dans le menu « Options > Count and Measure > Measurements » (Options > Numération et mesure > Mesures). Cliquez sur « Select Class Measurements » (Sélectionner des mesures de catégorie) et ajoutez à la liste les mesures que vous souhaitez collecter. Chaque mesure s’accompagne d’une brève description.

Définition des régions d’intérêt (ROI)

Pour segmenter les noyaux bleus, que nous transformerons plus tard en régions à mesurer :

1. Dans la fenêtre de l’outil « Dimension Selector » (Sélecteur de dimensions), sélectionnez uniquement le canal associé aux noyaux bleus.
2. Accédez à la fenêtre de l’outil « Count and Measure » (Numération et mesure), définissez manuellement le seuil appliqué au canal bleu, et cliquez sur « Segment » (Segmenter).
3. Cliquez sur « Count and Measure » (Numération et mesure) pour afficher les résultats dans la fenêtre de résultats de l’outil « Count and Measure ».
4. Triez les résultats par zone et supprimez tout ce qui ne constitue pas un noyau.
5. Sélectionnez tous les objets restants et séparez les noyaux manuellement, le cas échéant.
6. Vous obtenez davantage d’objets que ce dont vous disposiez auparavant. Sélectionnez de nouveau tous les objets de l’image.
7. Cliquez avec le bouton droit sur l’image et sélectionnez « Create ROIs from Selected Objects » (Créer des ROI à partir des objets sélectionnés).
8. Supprimez tous les objets détectés dans la fenêtre de résultats de l’outil « Count and Measure » (Numération et mesure). Ils ne sont plus nécessaires puisque les régions des noyaux sont désormais définies.

Détecter des objets dans plusieurs canaux

Nous allons à présent détecter des objets verts et rouges dans nos noyaux bleus.

Pour ce faire :

1. Sélectionnez les canaux rouge et vert dans la fenêtre de l’outil « Dimension Selector » (Sélecteur de dimensions).
2. Définissez manuellement les seuils pour les deux canaux.
3. Cliquez sur la flèche en regard du bouton «  Count and Measure » (Numération et mesure) et sélectionnez « Count and Measure on ROI » (Numération et mesure dans la ROI).
4. Dans la fenêtre de résultats de votre outil « Count and Measure » (Numération et mesure), basculez sur l’onglet « Class Histogram » (Histogramme de catégories).
5. Dans le menu déroulant « Measurement » (Mesure), sélectionnez « Object Count (Numération d’objets).
6. Dans le menu « Grouped by » (Regroupé par), sélectionnez l’option ROI. Vous obtenez un histogramme représentant le nombre d’objets par région !

C’est aussi simple que cela ! Nous espérons que ces trucs et astuces vous auront été utiles.

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